За първи път Клин се споменава в летописите през XII, но за официална дата се смята цитираната в Никоновския летопис – 1317г. „Клин“ – това е парцел земя или горски пояс, или част от блато.
На един живописен хълм е имало древна крепост, която е играла важна роля, благодарение на река Сестра, по която към Волга и Ока и обратно са пътували славянски плоскодънни баржи, натоварени с кожи, платна, сланина и дървен материал.
Затова градът-крепост Клин през средновековието е бил важен стратегически пункт. Крепостта е била унищожена в самото начало на 15 век от набезите на татаро-монголците. Клинският кремъл не е имал каменни съоръжения и укрепления.
През 1572 година Иван Грозни завещава града «с енориите и селата, както и с всички задължения» на своя син Иван, по-късно Клин става имение на Романови. През 1617 година поляците на Соколовски обсаждат града, отбраняван от Пожарский Дмитрий Петрович Лопата.
През 1702г. с указ на Петър I в Клин била основана пощенска станция, разполагаща с 20 коня.
На границата на на XVIII—XIX по проект на помешчика-архитект С. П. Карин е бил построен пощенският двор.
В средата на XIX век през Клин минала една от първите железопътни линии в Русия – Николаевска, свързваща Москва с Петербург. Тя дава тласък за развитието на промишлеността в града. По проект на Р.А. Желязевич през 1844-51 година е построена железопътната гара.
С Клин са свързани имената на много известни хора. Знаменитият композитор Пьотър Илич Чайковски е прекарал немалко време в околните имения, където е създал своите шедьоври: симфонията „Манфред“, оперите „Чародейка“, „Иоланта“ и частично „Дама Пика“, увертюрата-фантазия „Хамлет“, Петата и Шестата симфонии, балетите „Спящата красавица“ и „Лешникотрошачката“.
П.И. Чайковски пред дома си в имението „Фроловское“.
През май 1888 година Чайковски е написал: «Аз съм съвършено влюбен във Фроловское… отивам да се разходя за половин час, а се увличам и минават понякога два часа».
В село Майданово композиторът живял през 1885 година. Чайковски удовлетворено споделя: «Не мога да изобразя колко обаятелно е за мен руското село, руският пейзаж и тази тишина, от която повече от всичко се нуждаех».
На 5 май 1892 г. Чайковски се настанява в къща в покрайнините на Клин. „Трябва ми, чувствам го, да имам жилище в селото или, което е същото, в Клин – едно спокойно, тихо кътче за работа винаги да ми е на разположение. – Писал композиторът на брат си Анатолий Илич. – Освен това тук голяма роля играе и клинският навик. Гледката от къщата е прекрасна, а градината е напълно достатъчна“.
След смъртта на композитора неговият брат Модест Чайковски основава в Клин дом-музей, посветен на неговата памет.
На вратата на парадния вход е поставена метална табелка с надпис: „Дома нет. Просят не звонить“, който не е променян от 7 октомври 1893 година, когато П.И. Чайковски е напуснал за последен път този дом.
През 1920-те години в Клин пристигнал американският писател Джон Рид.
В село Борисово, недалеч от Клин, през 1919-1929 години е живяла и работила известната скулпторка Вера Мухина.
До сградата на железопътната гара в Клин има бюст на Чайковски, чийто автор е знаменитата Вера Игнатиевна Мухина.
През 1939-1941 години в Клин е живял и работил писателят Аркадий Гайдар.
Клин е пострадал силно през Великата Отечествена война. На 23 ноември 1941 година Клин е превзет от фашистите. В града са били разрушени около 250 постройки, а музеят на Чайковски немците превърнали в казарма и гараж.
В следвоенните години Клин се развива като промишлен град. Той е известен на цялата страна със завода за бира, произвеждащ «Клинское» пиво. В Клин е открит музей на играчките за елха, който привлича много туристи, желаещи да се запознаят с процеса на производството на новогодишните украшения.
